农家肥大多来源于人、牲畜、家禽等粪便，如果这些农家肥未经腐熟而将其施入农田，对农田植物有多方面的害处，有时会造成植物明显的伤害。
一、污染植物
新鲜的粪尿中含有大量病菌、毒素和寄生虫卵，未经腐熟而直接施用，能造成地面上植物污染，也为寄生虫的传播创造条件。未经腐熟的农家肥在土壤中自行发酵时，容易滋生病菌与虫害，会导致植物病虫害的发生。
二、对根系造成伤害
施入未腐熟的农家肥后，农家肥在土壤中自行完成腐熟过程。这个腐熟过程复杂缓慢，需要消耗氮素营养、需要消耗氧气，同时放出热量、氨气、甲烷、硫化氢等。这些会对根部造成伤害，有时造成根部灼伤（俗称“烧根”），常引发根部病害的发生，严重时会导致植株死亡。据农民日报（2013年7月19日）报道，北京市昌平区百善镇东沙屯村10亩玉米地，因施未腐熟的有机肥，造成死苗90%以上。
三、为越冬害虫创造有利条件
未经腐熟的农家肥由于含有大量性有机质，如秋施，这些农家肥将成为许多害虫的理想越冬场所，为多种在土壤中越冬的害虫创造有利条件，提供营养、水分等，如金龟子的幼虫蛴螬，对来年的虫害防治不利。
四、肥效缓慢
未腐熟的农家肥中的养分多为有机态或缓效态，不能被植物直接吸收利用，只有分解转化成速效态，才能被植物吸收利用。所以，未腐熟直接施用会使肥效减慢。
