近年来，由于小麦赤霉病的流行和连年的秸秆还田导致土壤中镰刀菌不断积累，加上气候因素和耕作制度的影响，小麦茎基腐病呈不断蔓延和加重的趋势。
小麦茎基腐病是一种比较严重的土传病害，由于发病时茎秆基部呈褐色，故又称“酱油秆病”。该病小麦苗期至穗期均可发病，发病较轻的小麦苗期地上部分症状不明显，拔出麦苗可看到其叶鞘、胚芽鞘和地中茎呈褐色，有的根部腐烂，严重时会造成麦苗发黄死亡；一般在小麦拔节期该病菌侵染到基部茎秆，如果土壤湿度大，茎秆基部会出现红色霉层；灌浆期发病严重的植株由下而上整株干枯死亡，籽粒灌浆时间缩短，形成瘪粒、白穗。因该病为土传病害，土壤和病株残体均带有病菌，此病一旦在田间出现，就会像癌症一样逐年扩散加重，严重影响小麦产量。
目前，还没有可以根除小麦茎基腐病的药剂，因为该病染病初期症状不明显，待出现白穗时已是病程的晚期，已经无法治愈，故该病主要以防为主，早发现早防治，尽最大努力对它进行控制：
1、药剂拌种或种子包衣。可以采用市场上有售的种衣剂包衣，不选用种衣剂包衣的可采用戊唑醇、多菌灵等杀菌剂拌种，可以显著降低苗期茎基腐病发病率。
2、清除病株残体。对已发病麦田，若零星发病，则将病株拔除带离农田；若成片发病，要避免秸秆还田，收获后麦秸要清理出去，集中销毁，以防病菌积累造成下一年度导致病害加重。针对还田的玉米秸秆应粉碎2-3遍，秸秆长度5cm左右，结合撒施腐熟剂，加速其腐熟，整地时深翻20cm以上，以减少田间菌源量。对发病严重的地块，也可在整地时用50%多菌灵可湿性粉剂处理土壤，消灭土壤中病菌。
3、调整施肥结构。长期以来，农民重施、偏施氮肥容易导致小麦冬前旺长，造成田间郁闭，通风透光性差，植株营养不良，茎秆细弱，茎壁变薄，易于被病菌侵染。而锌肥可增强作物的根茎抗病能力，提高植株的抗逆性。因此要合理施用氮肥，增施锌肥，锌肥可用硫酸锌，建议施肥量为1～2kg/亩。另可增施有益菌肥，可利用微生物改善土壤理化性质，抑制病原菌的繁殖。
4、药剂防控。小麦返青至拔节期间为病株率增长阶段，也是防治的关键时期，该时期可选用48%氰烯·戊唑醇、70%甲基硫菌灵茎叶喷雾防治，与锌硼微肥混用可增强植株抗性，提高防治效果；抽穗扬花期，结合“一喷三防”再防治一次，杀菌剂可选用50%多菌灵可湿性粉剂、戊唑醇、烯唑醇或甲基托布津可湿性粉剂等茎叶喷施。
